Más allá de los efectos de la infección por VIH y los inhibidores de la integrasa

Aug 24, 2023

Scientific Reports volumen 13, número de artículo: 14327 (2023) Citar este artículo

Detalles de métricas

El microbioma oral es la segunda comunidad microbiana más grande en humanos después del intestino. La infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) desencadena un deterioro del sistema inmunológico que podría favorecer el crecimiento y la colonización de patógenos en la cavidad bucal, y esta disbiosis se ha asociado con manifestaciones bucales que empeoran la calidad de vida de estos pacientes. La terapia antirretroviral (TAR) también podría impulsar cambios en taxones bacterianos orales específicos asociados con tales enfermedades periodontales. Los inhibidores de la transferencia de cadena de la integrasa (INSTI), la terapia de elección en el tratamiento de pacientes con VIH sin tratamiento previo, son capaces de revertir el impacto de la infección por VIH en la inflamación sistémica, la permeabilidad intestinal y la diversidad/riqueza bacteriana intestinal. El objetivo de este estudio fue analizar los efectos de la infección por VIH per se y de los INSTI en la composición del bacterioma salival, teniendo en cuenta otros factores como el tabaquismo, que también podría tener un impacto significativo en el microbioma oral. Para lograr este objetivo, se reclutaron 26 voluntarios no infectados por el VIH y 30 pacientes infectados por el VIH (15 sin tratamiento previo y 15 bajo el régimen INSTI). Se recogieron muestras de saliva para medir los niveles de lisozima. La composición del bacterioma oral se analizó mediante secuenciación del gen 16S rRNA. Los pacientes infectados por VIH sin tratamiento previo mostraron niveles estadísticamente más altos de lisozima en comparación con los controles (p <0,001) y los pacientes tratados con INSTI (p <0,05). Nuestro estudio no pudo detectar diferencias en la diversidad α ni β entre los tres grupos analizados, aunque sí diferencias significativas en la abundancia de algunos órdenes taxonómicos bacterianos (mayor abundancia en el filo Pseudomonadota, en el orden Acholeplasmatales y en los géneros Ezakiella y Acholeplasma en el grupo sin tratamiento previo en comparación con los controles; y mayor abundancia en el filo Mycoplasmatota, en el orden Acholeplasmatales, y en los géneros Acholeplasma y bacterias Eubacteriaceae no cultivadas en los pacientes infectados por VIH tratados con INTI en comparación con los controles). Estas diferencias parecen ser parcialmente independientes del hábito de fumar. Los efectos de la infección por VIH y de las INSTI sobre la microbiota oral no parecen ser muy potentes, probablemente debido a la modulación de otros factores como el tabaquismo y la mayor exposición exterior de la cavidad bucal.

La infección por VIH provoca un deterioro del sistema inmunológico que podría favorecer el crecimiento y la colonización de patógenos en la cavidad bucal. De hecho, esta disbiosis se ha asociado con manifestaciones bucales como la candidiasis orofaríngea1,2,3. Además, el tratamiento antirretroviral (TAR) en sí puede aumentar la translocación microbiana oral debido a la inhibición de la reparación y proliferación de las células epiteliales4, 5. El VIH y el TAR impulsan cambios en taxones bacterianos específicos en el microbioma oral asociados con la enfermedad periodontal6. De hecho, recientemente se ha informado que los cambios en el microbioma oral después del inicio del TAR son complejos y pueden desempeñar un papel importante en la función inmune y la enfermedad inflamatoria6. El análisis de la microbiota oral a través de muestras de placa supra y subgingival suele llevar mucho tiempo7, 8. Debido a esto, el análisis basado en saliva ha ganado considerable atención ya que es simple, no invasivo y económico9,10,11.

Trabajos anteriores de nuestro grupo demostraron que los ART basados ​​​​en inhibidores de la transferencia de cadena de la integrasa (INSTI) se asociaron con niveles de inflamación sistémica, translocación bacteriana y diversidad microbiana similares a los observados en controles no infectados12. Además, estos estudios mostraron un claro impacto de la infección por VIH y los tratamientos basados ​​en INSTI sobre el bacterioma13 y el viroma14 intestinal. Sin embargo, merecen más investigaciones cómo los tratamientos antirretrovirales a largo plazo, y específicamente los INSTI, modulan la microbiota oral en pacientes infectados por el VIH y las implicaciones de estos efectos en la salud. Así, el objetivo de este trabajo fue analizar los efectos de la infección por VIH y las terapias basadas en INSTI en primera línea de tratamiento sobre la composición de los bacteriomas salivales. Además, al ver que algunos hábitos como fumar podrían alterar la microbiota oral15, también investigamos el impacto del tabaquismo en la composición de la microbiota oral de pacientes infectados por el VIH con y sin tratamientos basados ​​en INSTI.

Se reclutaron pacientes infectados por VIH (naive y bajo TAR), así como voluntarios no infectados utilizados como controles “sanos”, del Departamento de Enfermedades Infecciosas del Hospital Universitario San Pedro (HUSP) y del Centro de Salud “Siete Infantes de Lara”. ” (Logroño, España) desde marzo de 2019 hasta febrero de 2021, como se describió anteriormente13, 14. La figura complementaria 1 muestra un diagrama de flujo del reclutamiento de pacientes, y las características de estos grupos se pueden consultar en las referencias13, 14.

Se recibieron muestras de saliva fresca en CIBIR, se dividieron en alícuotas en tubos (aproximadamente 500 μl) y se almacenaron a -80 °C para su posterior análisis. Después de la descongelación, la concentración de lisozima en la saliva se midió mediante un ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA) de ABCAM (Ab108880) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. El coeficiente de variación (CV) intraensayo e interensayo expresado como porcentaje es 4,7% y 9,5%, respectivamente.

Después de la descongelación, el ADN se extrajo utilizando una versión modificada del kit DNeasy® Blood and Tissue (Qiagen, Venlo, Países Bajos). En este protocolo, se transfieren 250 l de saliva a un tubo Eppendorf. Luego se añade 1 ml de PBS y la mezcla se centrifuga a 1800 g durante 5 min. Se decanta el sobrenadante y se resuspende el sedimento en 180 µl de PBS y se transfiere a otro tubo Eppendorf. A continuación, se añaden 25 µl de Proteinasa K y 200 µl de Tampón AL, seguido de agitación durante 20 segundos y centrifugación. La mezcla se incuba a 56 °C durante 10 min. Después de eso, se añaden 200 µl de etanol, se agita durante 20 segundos y se centrifuga. La solución resultante se transfiere a una columna y se centrifuga a 6000 g durante 1 min y se desecha el tubo recogido con el filtrado. Luego se coloca la columna en un nuevo tubo de recogida, se añaden 500 µl de tampón AW1 y se centrifuga, y se desecha el tubo recogido con el filtrado. Luego, se coloca nuevamente la columna en un nuevo tubo de recolección, se agregan 500 µl de Tampón AW2 y se centrifuga a 20.000 g durante 3 min, y se desecha el tubo recolectado con el filtrado. Finalmente, se coloca la columna en un tubo Eppendorf nuevo, se añaden 50 µl de Tampón AE y se incuba a temperatura ambiente durante 1 min. Luego se centrifuga la mezcla a 6000 g durante 1 min y se repite el proceso de elución. Después de este proceso, la pureza, concentración y calidad se determinaron mediante un fluorómetro Qubit 3.0 (kit dsDNA HS, Thermo Fisher Scientific, MA, EE. UU.) y un analizador de fragmentos (kit HS Genomic DNA 50 Kb, Agilent, EE. UU.). Luego, las muestras se amplificaron para las regiones hipervariables del ARNr 16S V3-V416 y la secuenciación se realizó utilizando un secuenciador Illumina (MiSeq, 2 × 300 pb, extremo emparejado) en la Instalación central de genómica y bioinformática del CIBIR.

El primer paso en el análisis computacional fue verificar la calidad de las lecturas mediante la herramienta de control de calidad del programa FastQC17. Luego, se utilizó el pipeline Qiime218 a lo largo del análisis bioinformático. En primer lugar, las secuencias sin procesar ya demultiplexadas (asignando los códigos de barras a las muestras a las que pertenecen) por el secuenciador Illumina fueron eliminadas del ruido utilizando el software DADA219. En concreto, se realizó el recorte de adaptadores de secuenciación y regiones de cebadores, el filtrado de lecturas ruidosas, la desreplicación de nuestras secuencias para reducir la repetición, la unión de lecturas emparejadas, la identificación de variantes de secuencia de amplicones (ASVs) y la eliminación de quimeras. . En segundo lugar, utilizamos la base de datos SILVA20 entrenada con los cebadores de amplificación V3-V4 utilizados durante el proceso de laboratorio húmedo para realizar la asignación taxonómica. Se analizó la diversidad alfa y beta: la diversidad α es una medida de la riqueza de especies a nivel de muestra, mientras que la diversidad β describe la similitud entre sujetos de la composición microbiana y facilita la identificación de diferencias amplias entre muestras. La medida de la diversidad α se analizó mediante características observadas, índice Chao1, alfa de Fisher, índice de Pielou, índice de Shannon y índice de Simpson y las diferencias entre grupos se evaluaron mediante la prueba de Kruskal-Wallis. Las características observadas, el índice Chao1 y el alfa de Fisher se basan en la riqueza, el índice de Pielou se basa en la uniformidad y el índice de Shannon y el índice de Simpson se basan en la diversidad (riqueza + uniformidad). La medida de la diversidad β se analizó utilizando PERMANOVA (999 permutaciones) en la métrica de Bray Curtis y se visualizó utilizando el Análisis de coordenadas principales (PCoA) mediante el software R (versión 4.0.5) y R Studio (versión 1.4.1105). Finalmente, se realizó el análisis de la composición diferencial de bacterias con la metodología ANCOM a niveles taxonómicos de filo, orden y género. Esta metodología tiene en cuenta la estructura subyacente de los datos y se utiliza ampliamente para comparar la composición de los microbiomas en dos o más poblaciones, sin suposiciones sobre la distribución de la población21. ANCOM simplemente ejecuta un montón de pruebas por pares para la siguiente subhipótesis:

donde \({x}_{i}\) denota la i-ésima abundancia de ASV de la muestra x, \({x}_{j}\) denota la j-ésima abundancia de ASV de la muestra x, \({y}_{i} \) denota la i-ésima abundancia de ASV de la muestra y y \({y}_{j}\) denota la j-ésima abundancia de ASV de la muestra y. El valor W es solo un recuento del número de veces que \({H}_{0(ij)}\) se rechaza para el iésimo ASV.

Las características de la población y los niveles de lisozima se presentan como media ± error estándar del hombre (SEM). Las variables categóricas se analizaron mediante la prueba de Chi-cuadrado o la prueba exacta de Fisher. La distribución normal de las variables cuantitativas se comprobó mediante la prueba de Shapiro-Wilk. La comparación entre dos grupos se realizó mediante la prueba t no apareada o la prueba U de Mann-Whitney, según la normalidad de los datos. La comparación entre tres o más grupos se analizó mediante ANOVA seguido de Tukey post-hoc independientemente de la normalidad de los datos. Los valores de p <0,05 y las tasas de descubrimiento falso (FDR) <0,05 se consideraron estadísticamente significativos. El análisis estadístico se realizó utilizando el software R (versión 4.0.5) y R Studio (versión 1.4.1105).

Este estudio se realizó siguiendo la Declaración de Helsinki y fue aprobado por el Comité de Ética en la Investigación sobre Medicamentos de La Rioja (CEImLAR) (28 de febrero de 2019, número de referencia 349). Todos los participantes proporcionaron su consentimiento informado por escrito.

Las principales características de la población reclutada (Tabla complementaria 1 y Tabla complementaria 2) se describieron previamente13, 14. Es de destacar que los hábitos de fumar fueron mayores en el grupo sin tratamiento previo y en el grupo tratado con INSTI en comparación con los controles (11,54 frente a 46,67% y 66,67% , respectivamente). Por otro lado, ninguno de los individuos reclutados reportó enfermedades periodontales. Finalmente, ninguno de los pacientes informó patrones dietéticos diferenciales.

Se observó un aumento estadísticamente significativo en las concentraciones de lisozima salival en pacientes infectados por VIH sin tratamiento previo en comparación con la población de control (p <0,001) y también en comparación con los pacientes tratados con INSTI (p <0,05) (Fig. 1). No se detectó ninguna diferencia estadísticamente significativa entre el grupo de control y el tratado con INSTI (Fig. 1).

Niveles de lisozima en la población estudiada comparando el grupo control, el grupo sin tratamiento previo y el grupo tratado con INSTI. ***p < 0,001 versus control y #p < 0,05 versus INSTI. Tratamiento basado en inhibidores de la transferencia de cadenas de integrasa INSTI.

Después de la extracción de ADN, todas las muestras tenían una concentración de ADN entre 11,40 y 336,00 ng/μl con una media de 86,77 ng/μl y una mediana de 73,70 ng/μl. Se utilizó un total de 12,5 ng de cada uno para la amplificación por PCR, primer paso en el protocolo de preparación de la biblioteca. Además, atendiendo a la calidad del ADN, medida como integridad del ADN a través del parámetro GQN en el sistema FA, todas las muestras se clasificaron entre valores de 0,6 y 3,6. En muestras en las que se amplificó un fragmento específico de 450 a 500 pb, la evaluación de la integridad genómica puede no ser tan significativa ya que la atención se centra en la amplificación de una región objetivo específica en lugar de en la integridad general del genoma. Como paso intermedio, después de la PCR del amplicón, pero antes del paso de indexación, se verificó la presencia del amplicón utilizando un analizador de fragmentos (kit Amplicon Library, 35–5000 pb, AATI), lo que dio como resultado fragmentos de entre 500 y 540 pb de tamaño. . Este paso confirmó la amplificación exitosa de la región objetivo y aseguró la presencia del amplicón deseado para su posterior análisis o secuenciación. Después de la preparación de la biblioteca, todas las bibliotecas finales se cuantificaron una vez más usando fluorometría Qubit y se calificaron usando Fragment Analyzer (kit Amplicon Library, 35–5000 pb, AATI) para determinar el tamaño promedio del amplicón. Esta información (concentración y tamaño medio de la biblioteca) nos permitió normalizar posteriormente las bibliotecas a la misma concentración (nM) para preparar un conjunto equimolar a 10 pM. En este caso, las bibliotecas tenían una concentración que oscilaba entre 31 y 210 ng/uL, con un valor medio de 94,80 ng/uL, determinado por fluorometría. Adicionalmente, el tamaño promedio del amplicón osciló entre 600 y 630 pb, teniendo en cuenta que este tamaño incluye 120 pb correspondientes a los adaptadores de secuenciación incluidos en la preparación de la biblioteca para el amplicón V3-V4 por PCR. Se utilizó el tamaño de amplicón promedio individual con la concentración de la biblioteca (ng/uL) para calcular la molaridad de cada muestra, normalizada a 10 nM y un conjunto equimolar final a 10 pM, que se introdujo en el secuenciador MiSeq.

Las lecturas de secuenciación sin procesar obtenidas de las muestras de saliva en este estudio variaron desde un mínimo de 134.247 lecturas hasta un máximo de 396.314 lecturas. Después del recorte del adaptador, la eliminación de regiones de baja calidad y el procesamiento utilizando el protocolo DADA2, se mantuvo un total de entre 66.634 y 187.188 lecturas (correspondiente a un rango porcentual relativo al 38,33-50,34 % de las lecturas iniciales).

No se observaron diferencias estadísticas en la diversidad α del bacterioma oral (características observadas, índice Chao1, alfa de Fisher, uniformidad de Pielou, índice de Simpson e índice de Shannon) (Figura complementaria 2).

El análisis de la diversidad β tampoco reveló un patrón de agrupamiento diferente entre los tres grupos analizados (Figura complementaria 3).

En cuanto a la composición y/o abundancia de la microbiota oral, se detectaron un total de 20 filos y 68 órdenes. Los tres filos más abundantes en la saliva fueron Bacteroidota (12,61–64,16%), Bacillota (7,37–66,14%) y Pseudomonadota (0,12–54,40%). A nivel de orden, Bacteroidales (10,05–63,13%), Lactobacillales (2,65–56,11%) y Betaproteobacteriales (0,04–42,54%) fueron los más abundantes.

Al comparar los controles con los pacientes naive, se observó una abundancia significativamente mayor en el filo Pseudomonadota, en el orden Acholeplasmatales (filo Bacillota), y en los géneros Ezakiella (orden Tissierellia, filo Bacillota) y Acholeplasma (orden Acholeplasmatales, filo Bacillota) en el grupo ingenuo en comparación con los controles (Tabla 1). Por otro lado, cuando se compararon los controles con pacientes infectados por VIH tratados con INSTI, se observó una mayor abundancia en el filo Mycoplasmatota, en el orden Acholeplasmatales (filo Bacillota), y en los géneros Acholeplasma (orden Acholeplasmatales, filo Bacillota) y Eubacteriaceae no cultivadas. Se detectaron bacterias (orden Eubacteriales, filo Bacillota) en los pacientes infectados por VIH tratados con INSTI (Tabla 1). No se observaron diferencias entre ambos grupos infectados por el VIH. No se observaron abundancias menores en pacientes infectados por el VIH.

Dado que fumar tiene un impacto en la microbiota oral22, evaluamos si los hábitos de fumar podrían modular las acciones ejercidas por la infección por VIH per se y/o las INSTI. Revelamos que la microbiota oral procedente de individuos fumadores (independientemente de su estado serológico respecto del VIH) mostró un aumento estadísticamente significativo en todos los índices de diversidad α analizados (p < 0,01 para las características observadas, el índice Chao1 y el alfa de Fisher y p < 0,05 para la uniformidad de Pielou, Shannon índice e índice de Simpson) en comparación con los no fumadores (Figura complementaria 4). Además, el análisis de la diversidad β reveló una agrupación diferente entre los dos grupos (p <0,001) (Figura complementaria 5), ​​lo que sugiere un efecto claro del tabaco en la composición/comunidad de la microbiota oral.

De manera similar, cuando solo los pacientes infectados por el VIH se dividieron en dos grupos según sus hábitos de fumar (e independientemente del TAR), aquellas muestras de individuos fumadores presentaron un aumento estadísticamente significativo en los índices de riqueza analizados (p <0,05 para las características observadas, índice Chao1, y alfa de Fisher) (Fig. 2) en comparación con la población no fumadora infectada por el VIH. Además, el análisis de la diversidad β reveló una agrupación diferente entre los dos grupos (p <0,05) (Fig. 3).

Diferentes índices de diversidad α de bacterias en muestras de saliva de pacientes infectados por VIH con respecto al hábito de fumar. *p < 0,05 frente a no fumadores.

PCoA de bacterias en muestras de saliva de pacientes infectados por VIH con respecto al hábito de fumar (que representan el 30% de la variación total [Componente 1 = 18% y Componente 2 = 12%]). Los resultados se trazan según los dos primeros componentes principales. Cada círculo representa una muestra: los círculos rojos representan a las personas que no fuman y los círculos azules representan a las personas que fuman. La agrupación de muestras está representada por su respectiva elipse de intervalo de confianza del 95%. *p < 0,05 fumadores versus no fumadores.

Teniendo en cuenta el claro impacto del tabaquismo en la microbiota oral, a continuación analizamos los controles, los pacientes infectados por el VIH sin tratamiento previo y los pacientes tratados con INSTI teniendo en cuenta su estado de tabaquismo, comparando en primer lugar a los no fumadores y, en segundo lugar, a los fumadores.

No se detectaron diferencias en la diversidad α de la población de no fumadores (Figura complementaria 6). Además, el análisis de la diversidad β tampoco reveló una agrupación diferente entre los tres grupos (Figura complementaria 7). Sin embargo, el análisis de abundancia diferencial reveló algunos órdenes taxonómicos representados diferencialmente entre los grupos, aunque las magnitudes de tales diferencias no fueron muy potentes. Específicamente, el grupo tratado con INSTI mostró una mayor abundancia del filo Mycoplasmatota (W = 1) y una menor abundancia de los filos Epsilonbacteraeota (W = 4), Bacteroidota (W = 1), Spirochaetota (W = 1), Cemmatimonadetes (W = 1), Chlamydiota (W = 1), Acidobacteriota (W = 1) y Campylobacterota (W = 1) y del orden Campylobacterales (W = 10) en comparación con los controles. Por otro lado, se observó una mayor abundancia de los filos Epsilonbacteraeota (W = 2) y Bacteroidota (W = 1) en el grupo tratado con INSTI en comparación con el grupo sin tratamiento previo.

Por otro lado, no se observaron diferencias significativas ni en la diversidad α ni en la diversidad β ni en la abundancia diferencial cuando solo se analizaron los fumadores (Figuras complementarias 8 y 9).

Al contrario de los resultados observados en nuestros trabajos previos centrados en la microbiota intestinal13, 14, los efectos de la infección por VIH y las INSTI sobre la microbiota oral parecen no ser muy significativos, probablemente debido a la modulación de otros factores como el tabaquismo y la mayor exposición al exterior. de la cavidad bucal.

La lisozima es una proteína antimicrobiana expresada por varias células, incluidos neutrófilos, macrófagos y células epiteliales. Es abundante en la saliva y juega un papel importante en el sistema de defensa constitutivo del huésped23. Estudios previos han revelado un aumento de los niveles de lisozima salival en pacientes inmunocomprometidos24, 25, lo que podría servir como mecanismo compensador para paliar la disminución del número de linfocitos T CD4. Además, se reveló que la lisozima de la clara de huevo de gallina, de la leche humana y de los neutrófilos humanos posee actividad antiviral contra la infección por VIH in vitro26. Teniendo en cuenta que nuestro estudio se centró en la microbiota bucal, creímos interesante cuantificar este marcador como medida indirecta de la infección por VIH y, más concretamente, de los mecanismos que se ponen en marcha para intentar contrarrestar la acción de la infección y su posible asociación con la microbiota bucal. microbiota. De hecho, observamos un aumento estadísticamente significativo de la concentración de lisozima salival en pacientes infectados por el VIH sin tratamiento previo en comparación con los controles y los INSTI en paralelo con la disminución observada en los linfocitos T CD4 en estos pacientes, lo que sugiere una posible relación entre lisozima, infección y respuesta inmunológica. . Curiosamente, los pacientes tratados con INSTI mostraron una disminución significativa en los niveles salivales de esta enzima junto con el aumento concomitante de linfocitos T CD4. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio que exploró los efectos de los INSTI en las concentraciones de lisozima salival. Nuestros resultados podrían resaltar el uso potencial de esta enzima como biomarcador no invasivo de la recuperación inmunológica observada después de INSTI, pero se necesitan más estudios al respecto.

Nuestro estudio no pudo detectar diferencias en la diversidad α ni en la β asociadas con la infección por VIH y/o el tratamiento basado en INSTI. De manera similar, Presti et al.6 no pudieron detectar diferencias en la diversidad α ni en la β entre el grupo sin tratamiento previo y el grupo tratado con TAR (tratado con EFV/FTC/tenofovir (TDF)). Imahashi et al.27 tampoco mostraron diferencias en la riqueza de especies entre personas VIH negativas y sujetos infectados por VIH tratados con TAR. Sin embargo, Li et al.28, revelaron una disminución estadísticamente significativa en el índice Chao1 y el índice de Shannon entre el grupo ingenuo y el grupo control y también una agrupación diferente entre ambos grupos. Las diferencias podrían explicarse por el hecho de que las poblaciones entre los estudios eran diferentes. De hecho, en el estudio de Li et al.28 sólo se incluyeron pacientes HSH infectados por VIH procedentes de Beijing, mientras que en nuestro estudio el porcentaje de HSH fue del 60,00% en el grupo naive y sólo del 46,67% en el grupo tratado con TAR. Además, sólo 15 pacientes infectados por el VIH en nuestro estudio no eran caucásicos (ninguno de ellos de Asia). Por lo tanto, es necesario investigar más a fondo la posible influencia del origen de los sujetos (en términos de “hábitos dietéticos”) y/o la orientación sexual y el modo de transmisión de la infección por VIH en la composición de la microbiota oral. Además, las regiones hipervariables del gen 16S rRNA analizadas también fueron diferentes entre ambos estudios (V4-V5 vs. V3-V4 en nuestro estudio).

En nuestro estudio, los tres filos más abundantes fueron Bacteroidetes (ahora conocido como Bacteroidota), Firmicutes (ahora conocido como Bacillota) y Pseudomonadota, lo que se correlaciona con los resultados de Li et al.28 y Presti et al.6. Observamos que algunos taxones aumentaron en el grupo sin tratamiento previo y en el grupo tratado con INSTI en comparación con los controles. Cabe mencionar el aumento observado en el género Acholeplasma en pacientes infectados por VIH independientemente del tratamiento antirretroviral. Se ha demostrado que Acholeplasma laidlawii podría facilitar la entrada de la infección por VIH en las células mediante la unión a sus glicoglicerolípidos29 y el tratamiento no consigue reducir su presencia. Se debe evaluar en profundidad el impacto clínico (sistémico y local) de estas mayores abundancias.

También observamos que fumar influye en la diversidad y composición de los bacteriomas salivales, como lo revelaron previamente Gopinath et al.15, en la población general. Sin embargo, y a pesar de este hecho, también observamos que el impacto de la infección por VIH y las INSTI en la microbiota oral eran parcialmente independientes del tabaquismo, ya que no se observaron efectos ni en la diversidad α ni en la diversidad β tanto en fumadores como en no fumadores analizados por separado. Es de destacar que se detectaron algunas diferencias (no muy potentes estadísticamente según el valor W) en la abundancia de algunos órdenes taxonómicos bacterianos en la población de no fumadores, mientras que no se observaron modificaciones en los fumadores, lo que sugiere que fumar podría modular o incluso “amortiguar/ enmascarar” los efectos del VIH y las INSTI en la microbiota oral. Además, los efectos menos potentes observados sobre la microbiota oral podrían explicarse por el hecho de que la cavidad bucal presenta una mayor variabilidad interindividual al estar más expuesta al medio ambiente/dieta. Además, las pastillas ART no se disuelven en la saliva, por lo que tienen un efecto más sistémico que local en la cavidad bucal.

Este estudio tiene algunas limitaciones. Algunos de los pacientes fueron reclutados durante la pandemia de COVID-19. Sin embargo, ninguno de ellos reportó síntomas relacionados con el COVID-19 antes de la recolección de la muestra y no fueron vacunados en el mes anterior. Además, el número de pacientes en cada grupo es pequeño (lo que aumenta la probabilidad de error tipo II), pero lo suficientemente grande como para detectar diferencias entre los grupos. Además, se detectaron algunas diferencias entre los controles y los grupos infectados por el VIH, como el sexo, la edad y el hábito de fumar, todos ellos factores que podrían tener impacto en la composición de la microbiota. Sin embargo, los dos grupos infectados por el VIH estaban bien equilibrados en términos de estos factores. Además, el muestreo de saliva, aunque es práctico y no invasivo, puede que no capture la diversidad completa de bacterias anaeróbicas en la boca, por lo que no se puede descartar que otros métodos den resultados diferentes. Finalmente, los pacientes completaron una encuesta centrada en hábitos/patrones alimentarios para detectar aquellos hábitos que podrían tener impacto en la microbiota, como el veganismo o el consumo excesivo de prebióticos y/o probióticos. Ninguno de los pacientes refirió hábitos tan diferenciales.

La concentración de lisozima está elevada en pacientes sin tratamiento previo en comparación con la población de control, lo que sugiere un mecanismo compensatorio para aliviar la disminución en el número de linfocitos T CD4. De hecho, el tratamiento con INSTI aumentó las células T CD4 en los pacientes y, al mismo tiempo, disminuyó los niveles de lisozima, lo que corrobora la asociación entre la respuesta inmune lisozima y la infección. Por otro lado, el impacto de la infección por VIH y las INSTI en la microbiota oral no fue muy potente, probablemente debido a la modulación de otros factores como el tabaquismo y la mayor exposición exterior de la cavidad bucal. De hecho, fumar aumenta la diversidad de bacteriomas salivales y también influye en la composición de los bacteriomas. Por lo tanto, fumar podría modular o incluso “amortiguar/enmascarar” los efectos del VIH y los INSTI en la microbiota oral y esta podría ser la razón de los efectos leves observados en el microbioma salival.

Los conjuntos de datos generados y/o analizados durante el estudio actual están disponibles en el repositorio NCBI SRA, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/819232, y también están disponibles a través de una solicitud razonable del autor correspondiente.

Pérez-Matute, P., Íñiguez, M., Villanueva-Millán, MJ & Oteo, JA Capítulo 32—El microbioma oral, genital e intestinal en la infección por VIH. Diagnóstico del metaboloma del microbioma 307–323 (Academic Press, 2019).

Google Académico

Li, Y. et al. Infección por VIH y diversidad microbiana en la saliva. J.Clin. Microbiol. Soy. Soc. Microbiol. 52, 1400-1411 (2014).

Artículo de Google Scholar

Nasi, M., Pinti, M., Mussini, C. y Cossarizza, A. Inflamación persistente en la infección por VIH: conceptos establecidos, nuevas perspectivas. Inmunol. Letón. 161, 184–188 (2014).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Mitchell, D. y col. Los inhibidores nucleósidos de la transcriptasa inversa del VIH, efavirenz y tenofovir, modifican el crecimiento y la diferenciación del epitelio gingival primario. VIH Med. 15, 196–202 (2014).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Ghosh, SK y cols. Comparación de perfiles epigenéticos de células epiteliales orales humanas de sujetos VIH positivos (en TARGA) y VIH negativos. Epigenética 8, 703–709 (2013).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Presti, RM y cols. Las alteraciones en el microbioma oral en participantes infectados por el VIH después de la administración de terapia antirretroviral están influenciadas por el estado inmunológico. SIDA 32, 1279–1287 (2018).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Schafer, CA y cols. Diagnóstico de saliva: utilización de fluidos orales para determinar el estado de salud. Monogr. Ciencia oral. 24, 88–98 (2014).

Artículo PubMed Google Scholar

Yakob, M., Fuentes, L., Wang, MB, Abemayor, E. & Wong, DTW Biomarcadores salivales para la detección del carcinoma oral de células escamosas: estado actual y avances recientes. actual. Curación bucal. Representante 1, 133-141 (2014).

Artículo de Google Scholar

Yoshizawa, JM y cols. Biomarcadores salivales: hacia futuras utilidades clínicas y diagnósticas. Clínico. Microbiol. Rev. 26, 781–791 (2013).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Giannobile, WV, McDevitt, JT, Niedbala, RS y Malamud, D. Aplicaciones traslacionales y clínicas del diagnóstico salival. Adv. Mella. Res. 23, 375–380 (2011).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Miller, CS y cols. Avances actuales en el diagnóstico salival. Biomarca. Medicina. 4, 171–189 (2010).

Artículo PubMed Google Scholar

Villanueva-Millán, M. J., Pérez-Matute, P., Recio-Fernández, E., Rosales, J. M. L. & Oteo, J. A. Differential effects of antiretrovirals on microbial translocation and gut microbiota composition of HIV-infected patients. J. Int. AIDS Soc. 20, 21526 (2017).

Artículo PubMed PubMed Central Google Scholar

Villoslada-Blanco, P. et al. Los inhibidores de la integrasa restauran parcialmente la translocación bacteriana, la inflamación y la permeabilidad intestinal inducidas por la infección por VIH: impacto en la microbiota intestinal. Infectar. Dis. El r. 11, 1541-1557 (2022).

Artículo PubMed PubMed Central Google Scholar

Villoslada-Blanco, P. et al. Impacto de la infección por VIH y el tratamiento basado en inhibidores de la transferencia de cadenas de la integrasa en el viroma intestinal. Ciencia. Rep. 12, 21658 (2022).

Artículo ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Gopinath, D. y col. Perfil compositivo del bacterioma de la mucosa de fumadores y consumidores de tabaco sin humo. Clínico. Oral. Investigando. 26, 1647–1656 (2022).

Artículo PubMed Google Scholar

Preparación de la biblioteca de secuenciación metagenómica 16S. https://support.illumina.com/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf.

Control de calidad rápido. https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/.

Qiime2. Qiime2. https://qiime2.org/.

Callahan, BJ y cols. DADA2: Inferencia de muestras de alta resolución a partir de datos de amplicones de Illumina. Nat. Métodos 13, 581–583. https://doi.org/10.1038/nmeth.3869 (2016).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

SILVA. https://www.arb-silva.de/.

Mandal, S. y col. Análisis de la composición de microbiomas: un método novedoso para estudiar la composición microbiana. Microbio. Ecológico. Enfermedades de salud. 26, 27663 (2015).

PubMed Google Académico

Ambrose, JA & Barua, RS La fisiopatología del tabaquismo y las enfermedades cardiovasculares: una actualización. Mermelada. Col. Cardiol. 43, 1731-1737 (2004).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Wiesner, J. & Vilcinskas, A. Péptidos antimicrobianos: el antiguo brazo del sistema inmunológico humano. Virulencia 1, 440–464 (2010).

Artículo PubMed Google Scholar

Arnold, RR y cols. Inmunidad secretora e inmunodeficiencia. Adv. Exp. Medicina. Biol. 107, 401–410 (1978).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Schachtsiek, M., Hammes, WP y Hertel, C. Caracterización de la proteína de superficie Cpf de Lactobacillus coryniformis DSM 20001T que media la coagregación y la agregación entre patógenos. Aplica. Reinar. Microbiol. 70, 7078–7085 (2004).

Artículo ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Lee-Huang, S. et al. Lisozima y ARNasas como componentes anti-VIH en preparaciones de núcleo beta de gonadotropina coriónica humana. Proc. Nacional. Acad. Ciencia. Estados Unidos 96, 2678–81 (1999).

Artículo ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Imahashi, M. y col. Impacto de la terapia antirretroviral a largo plazo sobre la microbiota intestinal y oral en pacientes infectados por VIH-1. Ciencia. Representante 11, 1-10 (2021).

Artículo de Google Scholar

Li, S. y col. Alteración del microbioma oral entre hombres que tienen relaciones sexuales con hombres con infección aguda y crónica por VIH en tratamiento antirretroviral. Frente. Celúla. Infectar. Microbiol. 11, 695515 (2021).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Shimizu, T. y col. El glucoglicerolípido de las membranas de Acholeplasma laidlawii se une al virus de la inmunodeficiencia humana-1 (VIH-1) y acelera su entrada en las células. actual. Microbiol. 48, 182–188 (2004).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Descargar referencias

Nos gustaría agradecer a todos los participantes de este estudio y a los médicos involucrados en el reclutamiento de pacientes.

Este trabajo contó con el apoyo de la Fundación Rioja Salud y PVB recibió una ayuda predoctoral del Consejo para el Desarrollo Económico y la Innovación (Gobierno de Rioja).

Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo, Departamento de Enfermedades Infecciosas, Centro de Investigaciones Biomédicas de La Rioja (CIBIR), C/Piqueras 98, Edificio CIBIR, Tercera Planta, 26006, Logroño, La Rioja, España

Pablo Villoslada-Blanco, Patricia Pérez-Matute, Emma Recio-Fernández, María Íñiguez & José A. Oteo

Centro de Salud Siete Infantes de Lara, Logroño, La Rioja, Spain

Pilar Blanco-Navarrete

Infectious Diseases Department, Hospital Universitario San Pedro, Logroño, La Rioja, Spain

Luis Metola, Valvanera Ibarra, Jorge Alba & José A. Oteo

Plataforma de Genómica y Bioinformática, Centro de Investigaciones Biomédicas de La Rioja (CIBIR), Logroño, La Rioja, España

María de Toro

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

También puedes buscar este autor en PubMed Google Scholar.

PPM y JAO concibieron el concepto del estudio. PBN, LM, VI, JA y JAO reclutaron a los pacientes. PVB, MI y ER llevaron a cabo el procesamiento de las muestras y la extracción de ADN de la saliva. ER hizo los ELISA para medir los niveles de lisozima salival. PVB y MT llevaron a cabo la secuenciación del gen 16S rRNA y el análisis bioinformático. PVB y PPM hicieron el análisis estadístico. PVB, PPM y JAO escribieron el manuscrito. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito final.

Correspondence to Patricia Pérez-Matute.

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

Springer Nature se mantiene neutral con respecto a reclamos jurisdiccionales en mapas publicados y afiliaciones institucionales.

Acceso Abierto Este artículo está bajo una Licencia Internacional Creative Commons Attribution 4.0, que permite el uso, compartir, adaptación, distribución y reproducción en cualquier medio o formato, siempre y cuando se dé el crédito apropiado a los autores originales y a la fuente. proporcione un enlace a la licencia Creative Commons e indique si se realizaron cambios. Las imágenes u otro material de terceros en este artículo están incluidos en la licencia Creative Commons del artículo, a menos que se indique lo contrario en una línea de crédito al material. Si el material no está incluido en la licencia Creative Commons del artículo y su uso previsto no está permitido por la normativa legal o excede el uso permitido, deberá obtener permiso directamente del titular de los derechos de autor. Para ver una copia de esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

Reimpresiones y permisos

Villoslada-Blanco, P., Pérez-Matute, P., Recio-Fernández, E. et al. Más allá de los efectos de la infección por VIH y las terapias basadas en inhibidores de la integrasa sobre el bacterioma oral. Informe científico 13, 14327 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-41434-5

Descargar cita

Recibido: 20 de marzo de 2023

Aceptado: 26 de agosto de 2023

Publicado: 31 de agosto de 2023

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-41434-5

Cualquier persona con la que comparta el siguiente enlace podrá leer este contenido:

Lo sentimos, actualmente no hay un enlace para compartir disponible para este artículo.

Proporcionado por la iniciativa de intercambio de contenidos Springer Nature SharedIt

Al enviar un comentario, acepta cumplir con nuestros Términos y pautas de la comunidad. Si encuentra algo abusivo o que no cumple con nuestros términos o pautas, márquelo como inapropiado.